SE あれこれ





SE の設定ファイルを読込むには?

解析を始めると問題に応じてプログラムを生成しなければならない.また、以前に作成したProjectを再び起動する必要がでてくる.そんなときは,保存しておいた SE の状態を読込めばよい.SE の設定は,XML 形式のファイルとして保存されている(SE の状態を保存しておきたいを参照).以下は Hodgkin-Huxley 方程式の解析用の SE 設定ファイルの例.

importSE.png

  1. SE を起動.新規に Project を生成した場合の初期起動の様子.

    importSE2.png

  2. File -> Import -> SE save file の順に選択

    importSE3.png

  3. SE save file 選択 window が起動

    importSE4.png

  4. 保存しておいた SE save file を選択

    importSE5.png

  5. Import が完了すると,保存されていたデータが各フィールドに反映される.

    importSE6.png



SE の設定状態を保存しておくには?

  1. File -> Export -> SE save file の順に選択

    exportSE.png

  2. 保存ファイル名を記述.Default の拡張子は .sed .変更することももちろん可能.

    exportSE2.png

  3. 生成されるファイルは,以下の様な XML 形式のファイルである.

    exportSE3.png



テキストファイルに書いたシステム方程式を読込むには?

テキストファイルとして編集しておいた方程式ファイルを読み込むことが可能である.適当な Editor で方程式ファイルを作成する.例えば MATLAB Editor にて方程式ファイルを作成するには次のように行う.

  1. MATLAB Editor を起動.以下の例は,Hodgkin-Huxley 方程式を HH.eq ファイルとして記述する様子.

    importSE7.png

  2. 方程式を記述する.方程式の記述は以下のルールに従うこと:
    1. 状態変数は,x[n] (n = 1,2・・・)の形で記述する.
    2. パラメータは"$"で挟む
      • 以下に示す文字列をパラメータとして使用するときには注意が必要である.
        eps浮動小数点相対精度を意味する定数
        i虚数単位
        Inf無限大,∞
        j虚数単位
        NaNNot-a-Number
        pi円周と半径の比
        realmax正の最大浮動小数点数
        realmin正の最小浮動小数点数
        これらの文字列は,MATLAB 自身で用意されている定数,および変数である.もし明示的にこれらの文字列をパラメータ名として使用したい場合は,必ず $eps$などと $・・・$ の形式で書かなければならない.$ で挟まずに記述した場合,MATLAB は定数または変数と判断する.この場合 system 生成は正常に実行されるが,各ツールが希望の動作をするかの保障はできない.
      • 非自律系方程式を扱う場合,印加できる外力としては,単一周波数の正弦波外力に限定する.このとき,方程式中には cos(t),または sin(t)として記述する*1.

        importSE8.png

  3. 方程式ファイルの編集が終わったならば,そのテキストファイルを SE から読込む.まずは SE を起動.新規に Project を生成した場合の初期起動の様子.

    importSE2.png

  4. File -> Import -> Equation Text の順に選択

    importSE9.png

  5. Equation Text file 選択 window が起動

    importSE10.png

  6. 保存しておいた Text file を選択

    importSE11.png

  7. Import が完了すると,Equations 欄に式が読込まれる.

    importSE12.png

    • Defaultでは,その変数の次元は2.また方程式の Type は Non-autonomous が選択されているので,問題に応じて次元数を増減,方程式 Type の選択を行う.



システム方程式をテキストファイルへ出力したい

プログラム生成の為に記述した方程式であるが,テキストファイルとして保存しておきたい場合に利用する.

  1. File -> Export -> Equation text の順に選択

    exportSE4.png

  2. 保存ファイル名を記述.Default の拡張子は .eq .変更することももちろん可能.

    exportSE5.png

  3. 生成されるファイルは,以下の様なテキストファイルである.

    exportSE6.png



生成した方程式をチェックするには?

解析をする際に,方程式のチェックは欠かすことができない.記述ミスやパラメータ値の違いによっては重大な結果を引き起こすかもしれない.そのため常に方程式の確認が必要不可欠となる.チェックを容易に行うために Web browser(IE, Netscape, firefox など)を利用できる.

  1. システムを生成した後,Project ディレクトリ内に Equation という XML Document が生成される.

    checkEq.png

    • 以下は Hodgkin-Huxley 方程式の解析ツールを生成した時の Equation.xml の例.

      checkEq2.png

  2. Web browser により,このファイルを開くと下図の様に方程式とパラメータをチェックすることができる.

    checkEq3.png




*1 角周波数や周波数などのパラメータは書かない.これらのパラメータはツール生成時に自動で付加されるようになっている(角周波数による時間の正規化を参照.).

Attach file: fileexportSE5.png 500 download [Information] fileimportSE4.png 558 download [Information] fileimportSE8.png 453 download [Information] fileimportSE12.png 442 download [Information] fileimportSE.png 505 download [Information] fileexportSE4.png 440 download [Information] fileexportSE.png 453 download [Information] fileimportSE5.png 457 download [Information] fileimportSE9.png 458 download [Information] filecheckEq3.png 438 download [Information] fileimportSE11.png 445 download [Information] fileexportSE2.png 459 download [Information] filecheckEq.png 448 download [Information] fileexportSE6.png 438 download [Information] fileimportSE3.png 438 download [Information] fileexportSE3.png 452 download [Information] fileimportSE7.png 465 download [Information] fileimportSE2.png 445 download [Information] fileimportSE6.png 448 download [Information] fileimportSE10.png 462 download [Information] filecheckEq2.png 457 download [Information]

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Last-modified: 2009-07-23 (Thu) 20:18:53 (3376d)